개막전은 이천(두산-LG), 서산(고양-한화), 문경(SSG-상무), 익산(삼성-KT), 마산(KIA-NC), 울산(롯데-울산) 총 6개 구장에서 개최된다.

2026 KBO 퓨처스리그는 리그 구성에 변화가 있다. 신규 창단한 울산이 남부리그로 편입되고, 남부리그에 소속돼 있던 상무야구단은 북부리그로 이동했다. 이에 따라 북부리그는 상무, 한화, LG, SSG, 두산, 고양, 남부리그는 KT, NC, 롯데, 삼성, KIA, 울산으로 양 각각 6개팀씩으로 구성된다. 북부리그와 남부리그는 팀당 121경기씩 치르며, 9월 20일(일)까지 총 726경기를 치른다.

인터리그 운영 방식도 변경된다. 기존에는 상무를 제외한 남부리그 팀이 6차전(홈, 원정 각각 3경기), 상무는 8차전(홈 5경기, 원정 3경기), 북부리그 팀은 8차전(홈 3경기, 원정 5경기)으로 편성됐다. 올해부터는 울산이 참가함에 따라 모든 팀이 6차전(홈, 원정 각각 3경기)씩, 총 36경기를 치르게 된다.

아울러 이번 시즌부터 월요일에 경기가 편성된다. 월요일에 전 경기를 편성하고 화요일을 고정 휴식일로 운영한다.

퓨처스리그 경기 개시 시간은 오후 1시다. 다만 마산에서 열리는 평일 경기(공휴일 제외)는 월요일에 한해 오후 6시 30분에 시작하며, 울산 구장은 주말과 공휴일을 제외한 경기를 오후 6시 30분에 개시한다.

7월 15일(수)부터 8월 24일(월)까지는 서머리그 기간으로, 혹서기 선수 보호와 경기력 향상을 위해 모든 경기를 오후 6시에 진행한다. 우천 등으로 경기 취소 시에는 4~5월에 한해 다음날 더블헤더로 편성된다. 해당 경기는 1, 2차전 모두 7이닝 경기로 치러진다. 또한 올해부터는 더블헤더 거행 시 엔트리 인원을 2명 증원해 28명까지 등록할 수 있다.

승부치기 운영 방식도 변경된다. 9회말 종료 후 동점일 경우 10회부터 승부가 날 때까지 진행하던 기존 방식에서, 12회까지로 제한하고 이후에는 무승부로 처리한다.

한편, 올 시즌부터 체크 스윙 비디오 판독은 퓨처스리그에서는 시행하지 않는다.

또한 퓨처스리그 챔피언 결정전은 이번 시즌에도 동일하게 진행한다. 퓨처스리그 정규시즌 각 리그 상위 2팀이 준결승에 진출하여, 준결승 경기의 승자 간의 단판 경기로 최종 우승팀을 가린다.